部门收到整改意见书后，对于意见书上提交的消防防火门未按要求关闭部分消防指示灯和安全出口指示灯未点亮个别消防安全通道堆积垃圾的问题，组织部门相关人员应进行全面彻底的检查整理清扫，整理消防安全通道堆积的垃圾，更换了几盏关门灯和指示灯，按照消防整改意见书的要求进行了有效的整改，并在随后的消防安全整改修改中。